La vostra preside sogna!
Non è possibile formare una classe con 31 alunni, il massimo per una prima è 29 (art. 16 comma 1 DM 331/98 ribadito dalla CM 27/2003, che contiene la bozza del nuovo Decr. Interministeriale sugli organici) e il DS deve assumersi la responsabilità per quanto attiene la sicurezza. Infatti, l'art. 5 Decr.Min. Interno 26/8/1992 prevede un “massimo affollamento: 26 persone/aula” , mentre un numero maggiore “deve risultare da apposita dichiarazione rilasciata sotto la responsabilità del titolare dell’attività”.
La bozza del nuovo D.I. ha inoltre mantenuto il limite minimo di 15 alunni, già previsto dagli artt. 16 e 17 DM 331/98: pertanto con 31 alunni iscritti devono comunque essere formate 2 prime!

Inoltre mi sembra molto strano il ripensamento (che peraltro non mi pare legittimo, avrebbero potuto chiedere il nulla osta per un'altra scuola, ma non rettificare una precedente domanda che comporta una diversa determinazione dell'organico) dei genitori dei tre alunni che, guarda che coincidenza, consentirebbe al DS di fare una sola prima!
Verificate ciò che è accaduto veramente, anche contattando i genitori in questione, e ricordate che comunque che "le decisioni definitive in ordine alla formazione delle classi, in relazione al numero degli alunni effettivamente frequentanti e alle esigenze formative da loro espresse, sono rimesse alla competenza dei dirigenti scolastici, tenuto conto delle indicazioni e delle proposte degli organi collegiali della scuola" (art. 8 DM 331/98).

Infine la CM 27/2003 ribadisce che "nel caso in cui il numero delle domande di iscrizione non sia sufficiente per la costituzione di una prima classe, il competente Consiglio d'istituto (e non il DS, ndr) stabilisce i criteri di redistribuzione degli alunni tra i diversi corsi di studio della stessa scuola, ferma restando la possibilità degli stessi alunni di chiedere l'iscrizione ad altri istituti in cui funzionino la sezione, l'indirizzo o la sperimentazione richiesti".

Tutto la documentazione sull'organico dovrebbe essere in possesso delle RSU, fatele intervenire e contattate la sede Cobas di Bologna per qualsiasi ulteriore supporto.