1. Certamente, ai sensi dell'art. 22 della L. 241/90. Tanto più che anche nei casi di esclusione dall'accesso per la riservatezza di terzi, persone, gruppi ed imprese, bisogna comunque garantire "agli interessati la visione degli atti relativi ai procedimenti amministrativi, la cui conoscenza sia necessaria per curare o per difendere i loro interessi giuridici" (art. 24, comma 2 lett. d L. 241/90, art. 2 DM 60/1996).
2. Bisogna motivare la propria richiesta (per il proprio fascicolo personale non possono sussistere dinieghi e/o differimenti se gli atti sono conclusi, vedi punto 1.).
3. Non credo sia utile chiedere formalmente l'elenco prima di chiedere "informalmente" (art. 3 DPR 352/92) la visione del fascicolo. Tanto vale chiedere direttamente e formalmente (facendo protocollare la richiesta) la visione del fascicolo.
4. Entro 30 giorni dal diniego (o dalla scadenza dei 30 giorni previsti per la risposta) o dal differimento si può ricorrere al TAR (senza bisogno dell'avvocato, art. 4 L. 205/2000). Il TAR, decide entro trenta giorni dalla scadenza del termine per il deposito del ricorso. La decisione del TAR è appellabile, entro trenta giorni dalla notifica della stessa, al Consiglio di Stato, il quale decide con le medesime modalità e negli stessi termini (art. 25 L. 241/90), oppure al difensore civico per chiedere che sia riesaminata la decisione dell'amministrazione (in questo caso i 30 giorni per la presentazione del ricorso al TAR decorrono dalla data di risposta del difensore civico).
5. Si, ai sensi dell'art. 5 DPR 352/92.

In ogni caso è illegittima la presenza di atti nel tuo fascicolo personale, ma che non conosci. Infatti, ai sensi dell'art. 7 della L. 241/90, "l'avvio del procedimento stesso è comunicato, con le modalità previste dall'art. 8, ai soggetti nei confronti dei quali il provvedimento finale è destinato a produrre effetti diretti".