In generale è opportuno ricordare che i periodi di malattia non vanno chiesti, SONO CERTIFICATI DAL MEDICO CURANTE.

Se l'amministrazione intende fare qualche controllo (oltre quello fiscale) deve mandarti alla "visita collegiale".

Per quanto riguarda i tuoi quesiti:
1) certo che potrai fruire di tutti i periodi necessari alle cure, potranno essere permessi (però mi sembrano te ne occorrano più di quanti ne abbiamo a disposizione secondo il CCNL), oppure essere considerati giorni di malattia;

2) l'aspettativa per malattia non esiste più, un altro bel regalo del CCNL 95 che prevede all'art. 23, per il personale con contratto a tempo indeterminato (di ruolo):
- il diritto alla conservazione del posto per 18 mesi (questo periodo viene calcolato sommando le assenze per malattia verificatesi nei tre anni precedenti l'ultimo certificato presentato), in casi particolarmente gravi possono essere aggiunti altri 18 mesi dopo una visita collegiale (richiesta dal dipendente), che stabilisca la sussistenza di eventuali cause di assoluta e permanente inidoneità fisica a svolgere qualsiasi proficuo lavoro. Al verificarsi di quest'ultimo caso, oppure nel caso di superamento dei periodi previsti, l'amministrazione può procedere alla risoluzione del rapporto.
- con stipendio: intero per i primi 9 mesi; al 90% per i successivi 3 mesi; al 50% per gli ultimi 6 mesi. Gli eventuali altri periodi non sono retribuiti e interrompono la maturazione dell'anzianità.

3) NO. Vale quanto detto al punto 1.
Inoltre la CM 301/96 prevede che "nei casi di assenze per visite mediche, prestazioni specialistiche ed accertamenti diagnostici, ove non sia dimostratamente possibile effettuarli al di fuori dell'orario di servizio, il dipendente può usufruire del trattamento di malattia da documentare con l'esibizione di certificazione rilasciata dalla struttura sanitaria che ha erogato la prestazione. Nel caso le assenze in questione siano inferiori o pari alla metà della durata dell'orario di lavoro giornaliero, il dipendente potrà usufruire, a richiesta, oltre che dell'assenza per malattia, con la relativa decurtazione del trattamento economico accessorio, anche di un permesso a recupero. Viene escluso, inoltre, il frazionamento della giornata di assenza per malattia".
Per "struttura sanitaria" deve intendersi anche ogni studio medico.