Mi pare che la normativa parli di Diritto all'aggiornamento e che ponga l'aggiornamento tra le attività funzionali all'insegnamento. Non mi sembra ci sia una graduatoria tra le attività funzionali!!! Inoltre il corso è dell'Amministrazione, quindi viene considerato servizio a tutti gli effetti.

Hai perfettamente ragione, ma tutto andrebbe regolato e previsto all'interno della scuola per evitare eventuali disservizi.
Visto che l'individuazione dei criteri per la fruizione dei permessi per l’aggiornamento deve essere stato oggetto di informazione preventiva alle RSU (art. 12 comma 13 del CCNI 99) chiedi loro cosa è stato concordato per permettervi di fruire di questo diritto.